O objetivo deste estudo é mostrar o progresso da compreensão leitora e das habilidades científicas em alunos do primeiro ciclo básico que participaram de aulas virtuais durante a crise sanitária. Esta análise visa demonstrar os impactos que o ensino remoto pode ter causado na aquisição de competências fundamentais para um desempenho adequado em Letras, Matemática e Ciências. Os participantes incluem alunos do primeiro e terceiro anos do ensino fundamental de três tipos de instituições de ensino de Calama e Antofagasta, junto com seus respectivos professores. Os resultados obtidos indicam que as competências de compreensão de leitura e operações matemáticas são as mais afetadas em todos os grupos, refletindo resultados negativos em relação aos resultados esperados. Quanto às competências científicas, estas apresentam desenvolvimento suficiente, embora se identifique a necessidade de reforço devido à falta de atividades práticas. Não se observam diferenças significativas entre os diferentes tipos de estabelecimentos de ensino, mas existem variações consoante a localização geográfica. As falas dos professores do primeiro e terceiro anos dos municípios em estudo mostram que os desafios e desenvolvimentos dos alunos ocorrem em diversas dimensões, incluindo competências acadêmicas, comportamento em sala de aula, autonomia e concentração.